La seguridad del presidente Daniel Noboa, la vicepresidenta María José Pinto y sus familiares pasó a manos de la brigada de Fuerzas Especiales del Ejército. Gustavo Iturralde fue nombrado nuevo jefe de la Casa Militar Presidencial, reemplazando a Milton Rodríguez, y todo el equipo de protección presidencial quedó bajo control militar.
Hasta el 8 de noviembre, la custodia del mandatario dependía de un equipo especializado del sistema de inteligencia militar, cuestionado por no anticipar los riesgos durante el paro por la eliminación del subsidio al diésel. Durante los 31 días de protesta indígena, la caravana presidencial sufrió tres ataques, el más grave en El Tambo, Cañar, donde ocho vehículos resultaron parcialmente destruidos, provocando la apertura de una investigación. Otro incidente ocurrió en Otavalo, Imbabura, cuando Noboa llegó con delegados internacionales y un convoy militar de suministros.
En dos años de gobierno, Noboa ha realizado tres cambios de jefe de la Casa Militar. Además, su seguridad se complementa con un equipo privado israelí que lo protege desde antes de asumir la presidenci